Welchen Speicher genau ? Der RAM-Inhalt ist weg wenn Du den Strom abstellst...

Spaß beiseite:
Der Programmspeicher-Flash wird beim ISP-Programmen durch avrdude immer komplett übergebügelt (außer geschütze Bootloader-Bereiche, aber die meisten ESCs haben keinen von Haus aus). Wenn doch, evtl. Fuses vorher so stellen das der Bereich nicht mehr geschützt ist.
Die Probleme kommen sicher vom EEPROM? Dafür musst Du schon ein Stück Code draufladen, was den nullt, fürchte ich.