Wenn die MCU die Hitzequelle ist, ist das leider oft kein gutes Zeichen...
Du kannst aber ja mal die Spannungsregler durchmessen und schauen, ob da die Fehlerquelle zu finden ist.
Es gibt zwei 3.3V LDOs auf dem Board, einen SPX3819 und einen ADP150:
Prinzipiell würde ich erwarten, dass der SPX3819 die primäre Versorgung der MCU und v.a. auch für externe Komponenten (also das 3.3V-Pad) ist.
Der ADP150 wiederum versorgt den empfindlicheren Teil, liefert also 3.3V für u.a. Vdda der MCU.
Kannst ja mal durchmessen:
Erwarten würde ich, dass Vdd und Vbat vom SPX3819 kommen. Du solltest also Durchgang zwischen diesen vier Pins und dem 3V3-Lötpad, sowie zwischen 3V3-Pad und Vout des SPX3819 haben. Lässt sich auch gut messen, weil du nicht gleichzeitig auf beiden Seiten hantieren musst.
Wenn das soweit passt und beide LDOs jeweils 3.3V an Vout liefern, hat die MCU vermutlich einen weg. Zugegeben, wenn die heiß wird, ist die Wahrscheinlichkeit dieses Ergebnisses ohnehin sehr hoch, aber einmal Messen schadet ja nicht.