Das geht nicht wie vorgesehen mit Windows ... Formatiert einfach mal 'nd SD Karte mit Windows und eine andere mit dem SD Card Formatter und schaut Euch dann die Karten mit einem Disk-Editor genauer an.
Ich will nicht sagen, dass Windows das falsch macht, es gibt aber Unterschiede, die scheinbar bei manchen Geräten zu Problemen führen. Um das zu vermeiden, nimmt man halt einfach das o.g. offizielle Tool für SD Karten.