Das geht mit dem B6 so nicht, nur zwei von drei Zellen zu laden - der Ladestrom geht immer über den Hochstromstecker und der natürlich über alle drei Zellen.
Hast Du ein Multimeter, prüf mal was passiert ist, welche einzelnen Zellspannungen am Balancer messbar sind und berichte dann.
Wenn alle Zellen über sagen wir mal kleiner 3V aber größer 2.5V sind kann man den Akku meistens retten indem man so lange im NiMH Mode läd bis die Summe über 9V ist (paar Minuten reichen dafür meist), dann im LiPo Modus weiter. Unter 2,5V pro Zelle würde ich den Akku nicht mehr verwenden (oder zumindest die betroffene Zelle nicht mehr).