Rescue -> Bootloader Pins brücken und anstecken. Dann weiter unten Load File (oder so, hab die exakte Option nicht im Kopf) und Flash (vorher Haken setzen).
Das geht nur mit dem .bin File.
Oder per FTDI/anderer Serial Adapter via Cleanflight Configurator. Am Main Port anschließen, Bootloader Pins brücken, Firmware Flasher/No Reboot Sequence, Flash on Connect. Firmware File auswählen, USB Adapter einstecken -> Flash startet.